С 1987 по 2002 год руководил деятельностью музея Томашик Геннадий Александрович.
В 2000 г. музей стал лауреатом конкурса среди провинциальных коллективов России на соискание премии газеты «Культура» «Окно в Россию» в номинации «Музей года».
До 2001 г. отдел природы возглавляла старейший работник музея В. И. Чигарских. С 1973 г. по 2000 г. главным хранителем фондов работала С. Н. Терехова. Отдел истории советского периода с 1976 г. по 2002 г. возглавляла Л. А. Фоминых, с 30 июля 2002 г. она назначена главным хранителем фондов музея.
В 2003 г. музей получил грант Института «Открытое общество» по программе «Культура. Освоение Сибири и Дальнего Востока» (название проекта – «Фотоальбом инженера-механика Управления водных путей Амурского бассейна В.И. Фёдорова «Изыскание р. Зеи в 1907-1909 гг.»).
В 2005 г. за успешное участие в экспозиционно-выставочной программе IV Международной биеннале визуальных искусств в г. Владивостоке музей награждён двумя дипломами.
В 2006-2007 гг. музеем совместно с Благовещенской городской общественной организацией «Немецкий Культурный Центр» реализован грантовский проект на оформление выставки «Торговый дом «Кунст и Альберс» в Приамурье».
В 2007 г. музей стал участником федеральной целевой программы «Культура России (2006-2010)», что позволило отреставрировать в ВХНРЦ им. Академика И.Э. Грабаря 2 уникальных музейных предмета: шаманский костюм (АОМ 6814) и бубен (АОМ 4462).
В 2008 г. за комплекс мероприятий, посвящённых 150-летию образования Амурской области, музей награждён Дипломом I степени и золотой медалью 31-й международной выставки-ярмарки «АМУРЭКСПОФОРУМ-2008».
Ныне Амурский областной краеведческий музей – крупное научно-исследовательское и научно-просветительное учреждение.
В его здании площадью более 4 тыс. кв. м разместились 25 экспозиционных залов, фондохранилище, библиотека, методический кабинет, кабинеты научных сотрудников; имеется хорошо оборудованная мастерская.
Работают шесть отделов: фондовый, природы, истории досоветского периода, советского периода, научно-методический и научной пропаганды. Возглавляют отделы опытные, с большим стажем музейной работы сотрудники.
Благодаря их любовному, творческому отношению к делу созданы современные экспозиции музея. Много труда в построение экспозиции по истории освоения Приамурья вложила Т. А. Холкина.
Жители Благовещенска и его гости любят музей, число посетителей растет из года в год. Если в 1986 г. их было 66471, то в 1990 г. – уже более 114 тысяч.
Сотрудники музея принимают активное участие в организации и проведении общественно-политических и культурных мероприятий в городе и области. Традиционными стали лектории по краеведческой тематике для учащейся молодежи и воинов, тематические клубы выходного дня, стационарные и передвижные выставки.