В 1981 г. областному музею передают одно из старинных двухэтажных зданий г. Благовещенска (памятник архитектуры федерального значения), в котором в конце XIX – начале XX вв. размещался магазин торговой немецкой фирмы «Кунст и Альберс». После реконструкции здания, в 1984 г., музей переезжает в новое помещение площадью 3940 кв. м.
В 1993 г. Постановлением Администрации Амурской области музею присваивается имя Г.С. Новикова-Даурского.
В настоящее время музей является крупным центром сохранения, изучения и пропаганды историко-культурного наследия Амурской области, научно-методическим центром для 18 муниципальных музеев.
В фондах областного музея хранится свыше 150 тысяч предметов по природе, истории и культуре Приамурья.
Ежегодно музей оформляет до 40 выставок, освещающих прошлое и настоящее области, обслуживает более 130 тысяч человек. Музеем разработано более 10 культурно-образовательных программ, рассчитанных на различные аудитории.
Музей осуществляет большую научно-исследовательскую и научно-методическую работу. В нём проходят курсы повышения квалификации для сотрудников музеев области, обучающие семинары, совещания. Ежегодно проводятся две научно-практические конференции: в январе – по итогам научно-исследовательской работы сотрудников музеев области, в октябре – «Новиковские чтения» (региональные, международные).
Амурский областной краеведческий музей активно занимается издательской деятельностью. С 1991 г. им выпускается ежегодный информационный вестник «Амурский краевед» (вышло 25 номеров), сборники материалов региональных и международных конференций (17 сборников), с 2005 г. выходит журнал «Жизнь амурских музеев». Также музеем издаются сборники статей и монографии на краеведческую тему, методические рекомендации по музейной работе. За хорошую научную и издательскую работу музей неоднократно награждался дипломами и почётными грамотами.
Музей участвует в региональных и всероссийских конкурсах и фестивалях.