В 1909 г. организовался Амурский отдел Общества изучения Сибири и улучшения ее быта. Руководящую роль в нем играли социал-демократы В. И. Шимановский, А. И. Дацков и др. Общее собрание членов отдела вошло с ходатайством в городскую управу о передаче музея новой организации. Постановлением городской думы от 2 октября 1909 г. заведование музеем было передано комитету отдела. Из городского бюджета на нужды музея снова стали выделяться средства – 500 рублей в год, что едва хватало на его содержание.
В 1911 г. музей был переведен в здание бывшего интерната женской гимназии, где занимал половину площади, в другой половине размещалась библиотека. Музей пополнялся новыми коллекциями, особенно минералогическими. В коллекциях музея на 1 января 1913 г. числилось 2899 предметов. В 1912 г. Благовещенский городской публичный музей посетило 5848 человек.
В 1917 г. музей приступил к составлению библиографии Приамурья и биографического словаря общественных деятелей, писателей, художников Амурской области, но эта работа была прервана в связи с революционными событиями. После Февральской революции среди членов музейной комиссии начались политические разногласия. Большая часть ее членов из комиссии вышла.
В 1918 – начале 1920 г. работа в музее практически не велась, поступления прекратились.