Деятельности русской православной церкви в Амурской области посвящены материалы отдельной экспозиции: фотографии храмов, портреты священнослужителей, церковные предметы.
После официального образования Амурской области 8 (20) декабря 1858 г. она стала частью Камчатской епархии, основанной в 1840 г., более того, в г. Благовещенск была перемещена кафедра епископа – город стал духовным центром Дальнего Востока. Для епископа Камчатского, Курильского, Алеутского Иннокентия (Вениаминова) в городе был построен дом в 4 верстах от устья р. Зеи. В нем Святитель Иннокентий (Вениаминов) проживал в 1862-1868 гг. В Благовещенске он узнал о своем назначении митрополитом Московским и Коломенским, после чего отбыл на Московскую кафедру, возглавив Русскую Православную Церковь (1868-1879 гг.). Спустя почти сто лет после смерти он был канонизирован (1977). 1997г. в связи с 200-летием со дня его рождения всемирной организацией ЮНЕСКО был объявлен годом памяти о нем. В Амурской области с этим связано переименование пер. Интернационального в пер. Святителя Иннокентия, установление бюста Святителю работы амурского скульптора Н.Л. Карнабеды. Рабочая модель бюста была передана в музей.
Экспозиционный комплекс отражает характерную для области поликонфессиональность. Значительную долю в общей массе переселенцев составляли старообрядцы, прибывшие в область преимущественно после 1905 г. И православные, и старообрядцы везли с собой меднолитые иконы, кресты, складни. Наставнику одной из старообрядческих общин принадлежали вериги. Амурский областной краеведческий музей – единственный из музеев Дальнего Востока обладатель подобного уникального предмета.
Иконы, священные сосуды, богослужебную утварь, поминальные доски из закрытых в годы репрессий храмов передали в областной краеведческий музей.
Поминальные доски поступили из Пророка-Ильинской церкви города, где они были установлены для поминовения погибших и умерших во время строительства Амурской железной дороги. Известно, что изготовили их врач С.Д. Чечулин и австрийский военнопленный Голлоб и Рапп.
